Seit etwa dem 14. Jahrhundert beherrschten die Herren von Neuenburg die Gegend. 1388 wurde die Brücke über den Doubs an der Stelle erbaut, wo sie sich noch heute befindet. Die Brücke, gleichzeitig eine Grenzbefestigung zur Schweiz hin, führte zur Entwicklung eines Handelsplatzes, an dem insbesondere der Salzhandel abgewickelt wurde: Die stattliche Anzahl von 70 bis 80 Wagenladungen pro Woche nahmen bis ca. 1630 von hier den Weg ins Ausland. 

1750 wurde die Brücke mit sechs Arkaden und einem Turm über einer der Arkaden neu errichtet. 1756 wurde die Pfarrkirche im Stil der Neoromanik neu erbaut. 1790 wurde der Ort Kantonshauptstadt. 1842 ließ sich die lutherische Familie Peugeot in Pont-de-Roide nieder und errichtete Fabrikationsanlagen. 1854 stiftete Jean-Frédéric (Fritz) Peugeot das Grundstück für das kombinierte Gebäude aus lutherischen Schule und Kirche. Nach dem Deutsch-Französischen Krieg 1870/71 erhielt der Ort angesichts deutscher Bedrohung eine Befestigungsanlage, das Fort des Roches. Im Zweiten Weltkrieg wurde die Stadt am 12. September 1944 befreit.  Das Chateau Peugeot beherbergt heute das Rathaus.